Основною задачею відділу є прийом і збереження медикаментів і інших медичних виробів, що надійшли з аптечного складу й інших баз постачання, відпуск їхнім іншим відділам аптеки, лікувально-профілактичним і іншим установам, філіям аптеки, кіоскам, аптечним пунктам, лоткам. У відділі запасів здійснюється готування концентрованих розчинів лікарських речовин, напівфабрикатів, внутріаптечна заготівля ліків по часто повторюваних прописах, а також розфасовка лікарських засобів.