У сучасній морфології використовують різні методи та методики дослідження.
Під методом розуміють систему прийомів підходу до вивчення загальних закономірностей, що існують у природі, а під методикою — сукупність способів доцільного проведення будь-якого досліду. Ці поняття взаємозв'язані, і тільки правильне розуміння і використання їх дасть змогу дослідникові виявити та вивчити закономірності об'єктивної дійсності.
Основним методом морфології є історичний, найяскравішим прикладом застосування цього методу — еволюційне вчення.