В раннем возрасте инфекция протекает либо бессимптомно, либо в стертой форме. Если заражение вирусом происходит в подростковом или более старшем возрасте, то инфекция может протекать бессимптомно, или развивается заболевание - инфекционный мононуклеоз.
Вирус Эпштейн-Барра может принимать участие в развитии некоторых опухолей: африканской формы лимфомы Беркетта, карциномы носоглотки у мужчин некоторых этнических групп Южного Китая, саркомы Капоши у людей со СПИДом.