Бактериальный вагиноз обусловлен дисбалансом микрофлоры влагалища. В норме она представлена преимущественно лактобациллами. Эти бактерии образуют молочную кислоту и перекись водорода, препятствуя размножению условно-патогенных микроорганизмов. В состав нормальной микрофлоры влагалища в небольшом количестве могут входить Gardnerella vaginalis, Mycoplasma hominis и анаэробные бактерии (рода Mobiluncus и другие). Эти микроорганизмы в небольшом количестве присутствуют во влагалище большинства здоровых женщин.