Этические проблемы, относящиеся к стволовым клеткам, отличаются рядом особенностей. В обычной клинической практике этические коллизии возникают и решаются, как правило, между двумя участниками — пациентом и врачом. В случае же применения стволовых клеток к этому прибавляется третья сторона — донор стволовых клеток. Проблема получения стволовых клеток, их культивирование и трансплантация составляют самостоятельный пул сложных этических проблем.