Свищи могут быть врожденными (например, при незаращении жлеточного протока) и приобретенными. Приобретенные свищи возникают в результате травмы, болезней (болезнь Крона), операции, при которых свищ накладывают с лечебной целью (еюностомия при неоперабельном тотальном раке желудка, противоестественый задний проход при неоперабельном раке прямой кишки). Свищи могут являться осложнением при операциях на кишечнике и других органах брюшной полости.